环氧乙烷灭菌器的核心原理是通过环氧乙烷（EO）气体与微生物的蛋白质、核酸等生物分子发生烷基化反应，破坏其代谢功能，从而实现高效灭菌。

环氧乙烷气体具有极强的穿透能力，可渗透到物品的微小缝隙或复杂结构中（如细长导管、多层包装），确保灭菌无死角。其广谱性表现为能杀灭所有微生物，包括细菌繁殖体、芽孢、病毒和真菌，尤其对耐高温的芽孢效果显